شاهرخ شروان شاه چون از اين امر آگاه شد، وكيلش، حسين بيگ، را به نبرد با سرخ‏كلاهان فرستاد و دو سپاه در درة بيغرد به هم رسيدند. در اين نبرد حسين‏بيگ شكست خورد و به دژ بازگشت و به فراهم آوردن اسباب دژداري پرداخت. سرخ‏كلاهان دژ را محاصره كردند و ساكنان دژ، از درون، و سرخ‏كلاهان، از بيرون، بر يكديگر تير مي‏انداختند و اين جنگ چهار ماه ادامه داشت تا سرانجام سپاهيان القاص ميرزا برج‏هاي آن دژ را به ضرب توپ فرو ريختند. در اين ميان درويش محمدخان، حكمران شكي، به منظور ياري رساندن به شاهرخ شروان شاه لشكري فراهم آورد و به نزديكي‏هاي دژ آمد، اما لشكريان اونيز شكست خوردند و دژنشينان كه از ياري درويش محمدخان نااميد شده بودند، زبان به پوزش گشودند وگفتند كه چون شاه صفوي خود به اين جا آيد دژ را تسليم كنيم. شاه تهماسب پس از دريافت پيام شروانيان به شروان رفت و در نزديكي‏هاي دژ فرود آمد. كسي از دژنشينان نزد شاه صفوي آمد و سخنان آنان را بازگو كرد و نوازش يافته، به دژ بازگشت و آن چه را ديده و شنيده بود با شروانيان درميان نهاد. روز ديگر شاهرخ و حسين‏بيگ و محمدبيگ و ديگر اشراف و اعيان با تحفه‏ها و تبريك‏هاي فراوان به حضور شاه صفوي رسيدند و بيان بندگي كردند و كليدهاي دژ و خزينه‏هاي دژ را به شاه تهماسب سپردند. شاهرخ، حسين ‏بيگ و محمدبيگ به اسارت درآمدند. به فرمان شاه تهماسب آن دژ را ويران كردند. در پي آن نعمة‏الله‏بيگ، نگهبان دژ گلستان، آن دژ را تسليم كرد. پس از آن به فرمان شاه صفوي، وزير شاهرخ و بسياري از بزرگان شروان كشته شدند و شاهرخ را اسير كرده به تبريز بردند. در دژ بيغرد خزاين و دفاين شروان شاهان نگه‏داري مي‏شد و در آن جا سيم و زر و جواهر و سنگ‏هاي قيمتي بسيار بود. شاه تهماسب تمامي اين اموال را مصادره كرد. منابع از كتابخانة‌ نفيسي در اين دژ ياد كرده‏اند و گفته‏اند كه در اين كتابخانه كتاب‏هايي بوده كه چندين سال از سرزمين‏هاي گوناگون در آن جا گردآورده بودند. سرخ كلاهان كتاب‏ها را از دژ بيرون آوردند و «در دولتخانة مباركه به سان پشته پشته خرمن‏ها زده بود؛ اكثر آن‏ها به خط استادان، تمامي مزين به تذهيب و تصوير استادان بي‏نظير...» زمين‏ها و املاك اشراف به قتل رسيدة شروان نيز به بزرگان سرخ كلاه واگذار شد. گويند كه صفويان دختران زيباروي اشراف را از دژ بيرون آوردند و شاه صفوي و برادرانش و نيز اميران صفوي آن‏ها را به عقد خويش درآوردند. شاهرخ كه به اميد بخشوده شدن تسليم شده بود چند ماه بعد  در تبريز سر به نيست شد. دولت شروان شاهان كه از اواخر سدة دوم هجري با از سر گذراندن فراز و فرودها و دوره‏هاي فترت بر شروان حكومت كرده بودند، در روز بيست و هفتم ربيع‏الآخر 945 ق با تسليم شاهرخ، آخرين شروان شاه، فرو پاشيد و پس از القاص ميرزا به فرمان شاه تهماسب به حكمراني شروان رسيد و به اين ترتيب شروان به قلمرو صفويان پيوست. شروان شاهان اگرچه خاستگاهي عربي داشتند، اما به فرهنگ ايراني وشعرو  ادبيات فارسي علاقة بسيار مي‏ورزيدند. اين كه محمد بن يزيد (ـ 305 ق) خود را به ساسانيان منسوب مي‏كند و يزيد بن احمد (381 ـ 418 ق) بر فرزندان خود نام‏هاي ايراني، همچون منوچهر، قباد و سالار مي‏گذاشته از نشانه‏هاي آشكار ايرانيگري در ميان شروان شاهان است. اين علاقه به فرهنگ و ادب ايراني، به ويژه در ميان شاخة نخست از شروان شاهان دودمان خاقان، به چشم مي‏خورد؛ چنان كه تمامي آن‏ها نام‏هاي ايراني، همچون منوچهر، فريبرز، افريدون، فرخزاد، گرشاسب، كي‏قباد، كاوس و هوشنگ دارند و جالب آن كه تمامي اين نام‏ها برگرفته از شاهنامه است و چنان كه مي‏دانيم، اين اثر تبلور روح ايراني است. در دورة فرمانروايي همين شاخه از شروان شاهان كانون شعر و ادب فارسي بود و شاعران نام‏داري همچون نظامي گنجوي (535 ـ 614 ق)، ابوالعلاي گنجوي (ـ 554 ق)، مجيربيلقاني (ـ 586 ق) و خاقاني شرواني (520 ـ 585 ق) به دربار شروان شاهان آمد و شد داشته‏اند . پژوهشگران اين دسته از شاعران را كه به دربار شروان شاهان وابستگي داشته‏اند، شاعران مكتب شروان ناميده‏اند و در واقع اينان از پيروان مكتب آذربايجان بوده‏اند. منابع، پيشرو مكتب آذربايجان را قطران تبريزي دانسته‏اند. ريپكا دربارة مكتب شروان چنين مي‏نويسد: « پيشرو اين دسته از شاعران درباري نظام‏الدين ابوالعلاي گنجوي ... اولين چهرة شايان توجه مكتب شيروان، منتقد و معلم نسل‏هاي بعدي است.» سروده‏هاي اين شاعران ويژگي‏هاي اين مكتب پيچيدگي صناعات آن است. شاعران مكتب شروان از به كار بردن تعابير و اصطلاحات كهنه دست كشيدند، اما در اشعار خود فراوان از واژگان و مفردات عربي بهره مي‏بردند. مگر نظامي، دوتن ازاين شاعران، يعني خاقاني و نظامي، در تكامل سبك و قالب شعري كه مي‏سرودند تأثيرات ديرپايي برجا گذاشتند. خاقاني از بزرگ‏ترين قصيده‏سرايان و نظامي از برجسته‏ترين سرايندگان حماسه‏هاي روايي است. در پي فروپاشي دولت شروان شاهان، پس از چندي كه القاص ميرزا حكمراني شروان را بر عهده داشت، پرچم استقلال برافراشت، اما چون خبر حركت شاه تهماسب را به سوي شروان شنيد، مادر خود، خان‏بيگي خانم را به همراه پسرش، احمد ميرزا براي پوزش‏خواهي به درگاه شاه فرستاد و شاه نيز پوزش وي را پذيرفت و گروهي از بزرگان دربار را همراه خان‏بيگي خانم روانة‌ شروان كرد. فرستادگان با القاص ميرزا ديدار كردند و قرار گذاشتند كه القاص ميرزا دست از سركشي و استقلال‏خواهي بردارد و هر سال هزار تومان تبريزي به خزانه بپردازد و در هنگام لزوم نيز هزار سوار به اردوي شاهي گسيل دارد. اما پس از چندي در 953 ق كه شاه تهماسب به گرجستان لشكر كشيد، القاص ميرزا بار ديگر پرچم استقلال برافراشت، سكه به نام خود زد و مقرر كرد خطبه به نامش خوانند. شاه تهماسب پس از پايان لشكركشي به گرجستان به گنجه رفت، در بولاق اردو زد و سپاهي پنج هزار نفري به فرماندهي تني چند از سردارانش به شماخي فرستاد. سپاهيان وي دژ گلستان را محاصره كردند و پس از آن شاه تهماسب با نيرويي سي هزار نفري به شروان رفت. سرانجام القاص ميرزا در كنار آب مأمور از سرخ‏كلاهان شكست خورد، اما او و چهل تو از ملازمانش از مهلكه جان به در بردند و القاص ميرزا پس از آن از راه درياي سياه به استانبول رفت و به دربار عثماني پناه برد. پس از گريز القاص ميرزا، بستگان او مدت‏ها در دژهاي دربند و گلستان ايستادگي كردند، اما سرانجام دژ گلستان تسخير شد و شاه تهماسب به فرمود تا دژ را ويران كردند. دژ دربند نيز كه برج و بارويش به ضرب توپ ويران شده بود، پس از دو سه ماه مقاومت تسليم شد. كوتوال دژ سلوط نيز دژ را تسليم كرد و به درگاه شاه آمد. سرانجام شروان بار ديگر به تصرف شاه تهماسب درآمد و وي تمامي سرزمين شروان را به فرزند خود، اسماعيل ميرزا سپرد. سليمان قانوني از پناهندگي القاص ميرزا براي به تصرف درآوردن قلمرو صفويه بهره برد ودر 955 ق براي سومين بار به ايران تاخت و القاص ميرزا را با سپاهي راهي ايران كرد. القاص ميرزا سرانجام به دام شاه تهماسب افتاد و در دژ قهقهه كشته شد. سليمان قانوني نيز از اين لشكركشي كه تا پايان 956 ق به درازا كشيد، بهره‏اي نبرد و به عثماني بازگشت. در جريان اين لشكركشي شروان بار ديگر براي مدتي كوتاه به دست يكي از بازماندگان دودمان شروان شاهي با نام برهان افتاد. پس از بازگشت سليمان قانوني، شاه تهماسب، عبدالله خان استاجلو (956 ـ 972 ق) را كه عمه‏زادة وي بود، به حكمراني شروان گماشت. در احسن‏التواريخ آمده است كه هنگامي كه عبدالله خان استاجلو به حكمراني شروان رسيد برهان درگذشته بود و شروانيان پيكر او را پنهان كرده بودند، اما عبدالله خان پيكر او را از گور درآورد و سر او از تنش جا كرد.« مردمان شروان از ترس جان به موضع درو [دراو] كه جزيره‏اي است در كنار قلزم پناه بردند و عصابة عصيان بر پيشاني ادبار بستند. عبدالله خان هر چند رسولان فرستاد و نصيحت نمود، مخالفان به صلح راضي نشدند. عبدالله خان به دفع ايشان روان گرديد...» سرخ‏كلاهان بيش‏تر از ايشان را كشتند و اموالشان را چپاول كردند و عبدالله خان پس از آن به شماخي رفت. در تاريخ جهان‏آرا از اين رخداد با تفصيل بيش‏تري ياد رفته و آمده است كه عبدالله خان چون به حكمراني شروان رسيد بر آن شد تا برهان را از ميان بردارد. عبدالله خان و سپاهيانش در پايين علي چوبان فرود آمدند و برهان با لشكر شروان به درة بيغرد درآمد و «چون آن جا به غايت سخت بود و جمعيت بيشتري داشت بر سر او رفتن خالي از تعذري نبود.» عبدالله خان پانزده روز درعلي چوبان منتظر ماند كه ناگهان برهان به مرگ طبيعي درگذشت. شروانيان كسي را با نام محراب، از خويشان برهان، به حكمراني خويش برگزيدند. عبدالله خان بر محراب و يارانش تاخت و اگر چه محراب جان به در برد، اما بسياري از لشكريان او كشته شدند. عبدالله خان پس از آن در 957 ق به جزيرة دراو كه قربان‏علي، از اقوام برهان، و گروهي از شروانيان بدان جا رفته بودند، شتافت و آنان را فروماليد و قربان علي و بسياري از ياران او را كشت. به هر روي، عبدالله خان استاجلو توانست بيش از چهار سال اوضاع  شروان را به دست گيرد. تا آن كه در 961 ق يكي ديگر از بازماندگان شروان شاهان با نام قاسم‏بيگ براي به دست آوردن فرمانروايي شروان به پا خاست. جريان از اين قرار بود كه سليمان قانوني در چهارمين لشكركشي خود به ايران در اواخر 961 ق به نخجوان رسيد و قاسم‏بيگ را كه به درگاه او پناه برده بود با سپاهي راهي شروان كرد. به فرمان سليمان قانوني لشكريان غميق/ قمق/ خيداق/ قيتق نيز در داغستان به وي پيوستند و چون به شروان رسيدند، بسياري از مردمان شروان كه از عبدالله خان روگردان شده بودند، به ياري وي شتافتند. عبدالله خان با سپاهيان قاسم بيگ به نبرد پرداخت، اما كاري از پيش نبرد و به شماخي بازگشت. سپس قاسم‎بيگ به نبرد پرداخت، اما كاري از پيش نبرد و به شماخي بازگشت. سپس قاسم‏بيگ به دژ بيغرد رفت و چهال روز در آن جا ماند و آمادة‌ پيكار شد و پس از آن چون عبدالله خان در نزديكي‏هاي دژ گلستان مستقر بود، به سوي گلستان تاخت. سرانجام در نبردي كه ميان اين دو در گرفت، با اين كه شمار سرخ‏كلاهان اندك بود حيله‏اي انديشيدند و بر سپاهيان قاسم‏بيگ پيروز شدند. به گفتة‌ برخي منابع، در اين نبرد هزار تن از لشكريان قاسم‏بيگ كشته شد، اما قاسم‏بيگ جان به در برد و «از سر سپاهيان شروان در ميدان شماخي مناري ساختند.» پس از اين پيروزي، عبدالله خان استاجلو توانست پايه‏هاي حكومتش را بيش از پيش در شروان استوار سازد. در منابع از اقتدار عبدالله خان در اين زمان ياد رفته و آمده است كه او چنان در دل شروانيان و مردمان داغستان و طبرسران هراس انداخته بود كه جرأت مخالفت با او را در خود نمي‏ديدند و در ساية‌ همين اقتدار بود كه شروان امن و آباد شد. باكي‏خانوف از پيشرفت تجارت و بهبود زندگي مردم شروان در اين دوره سخن گفته و درآورده است كه تجارت خانة‌ انگليسي كه فاقطوريا ناميده مي‏شد «در تحت حمايت او [عبدالله خان استاجلو] در شماخي بوده.» در ديگر منابع نيز از مناسبات دوستانة آنتوني جنكينسون، باني اين تجارت‏خانه، و عبدالله خان استاجلو ياد رفته است. آنتوني جنكينسون، بازرگان و رئيس شركت مسكوي انگليس بود كه براي رسيدن به چند هدف بازرگاني، از آن شمار خارج كردن بازرگاني ابريشم ايران، كه بيش‏تر در مازندران، گيلان و شروان توليد مي‏شد، از دست پرتغالي‏ها به ايران سفر كرد و در 969 ق وارد شماخي شد.