تا زماني كه سلطان اويس زنده بود، ولايت شروان خراجگزار و فرمانگزار وي بود. آخرين شروان شاه شاخة‌ نخست دودمان خاقان، هوشنگ بن كاوس ( حدود 774 ـ حدود 784 ق) بود كه گويا به دست نزديكان خود كشته شد و پس از وي اين شاخه از شروان شاهان برافتاد. در پي آن شاخة دوم از شروان شاهان دودمان خاقان در شروان به فرمانروايي رسيدند كه نخستين آن‏ها شيخ ابراهيم بن محمد، از عموزادگان هوشنگ، بود. در گلستان ارم دربارة چگونگي به فرمانروايي رسيدن وي چنين آمده است: «[هوشنگ شروان شاه] ظلم بسيار مي‏نمود. شروانيان اتفاق كرده، او را بكشتند و آمده، شيخ ابراهيم دربندي بن سلطان محمد بن كي قباد شروان شاه را كه فقيرالحال در شهر شكي، از قصبات شروان به زراعتگري معاش مي‏كرد، ميان مزرعه در زير درختي خوابيده يافته، جامه و عمامة پادشاهانه پوشانيدند و آورده بر تخت سلطنت نشاندند.» ابراهيم شروان شاه در 788 ق به حضور امير تيمور گوركان (736 ـ 807 ق) رسيد و به اطاعت وي گردن نهاد. هنگامي كه تيمور بر آن شد تا به دشت قپچاق يورش برد، ابراهيم شروان شاه كه پيكار با او را در توان خود نمي‏ديد و گريز از او و واگذاري ولايت شروان به وي را نيز به صلاح مردمان شروان نمي‏دانست، تنها راه چاره را در آن ديد كه خود به حضور سلطان رسد و بر فرمان او گردن نهد. پس با پيشكش‏هاي بسيار به خدمت او رسيد و تيمور نيز فرمانروايي ولايت شروان را به او سپرد و وي را در فرمانروايي ابقا كرد. ابراهيم شروان شاه از آن پس در شمار معتمدان ومتحدان نزديك تيمور درآمد و در بسياري از لشكر‏كشي‏هاي او به سرزمين‏هاي مجاور شركت كرد. تيمور در 806 ق سرزمين‏هاي عراق عرب و آذربايجان را همراه با توابع اين سرزمين‏ها به فرزندش ميران شاه ( ـ 810 ق ) و دو پسر وي، يعني ابوبكر و عمر، واگذاشت و فرمانروايي آذربايجان، اران ، مغان، گرجستان ، شروان و عراق عجم را به عمر سپرد. سپردن اين سرزمين‏ها به عمر سبب ناخرسندي ميران شاه و ابوبكر شد. پس از درگذشت تيمور، اختلاف ميان ميران شاه و ابوبكر با عمر آشكار شد و در همين زمان ابراهيم شروان شاه نيز به رويارويي با عمر برخاست. زماني كه عمر براي تنبيه امير بسطام به قراباغ گريخت و به ابراهيم شروان شاه پيوست. چون عمر اين خبر را شنيد به قراباغ رفت و از ابراهيم شروان شاه خواست تا امير بسطام جاگير را دستگير كرده نزد او فرستد. ابراهيم بهانه‏اي آورد و اين كار را به آينده واگذاشت. عمر از كار او خشمگين و راهي نبرد با وي شد. سپاهيان ابراهيم شروان شاه به كنار رودخانة كر رفتند و سپاهيان عمر نيز در نزديكي كر فرود آمدند و لشكريان آن دو يكي دو هفته در برابر يكديگر نشستند، اما سرانجام عمر از نبرد با ابراهيم شروان شاه منصرف شد. اين رويداد آغاز درگيري ابراهيم شروان شاه با تيموريان بود. در پي آن دست‏اندازي قراقويونلوها بر شروان آغاز شد. ميران شاه گوركاني و ابوبكر نخست در 809 ق، چند روز پس از ورودشان به تبريز، از قرايوسف قراقويونلو و بار ديگر در 810 ق از تركمانان قراقويونلو شكست خوردند. در نبرد اخير ميران شاه كشته شد و قراقويونلوها بر آذربايجان چيره شدند. قرايوسف در پي استقرار در آذربايجان به گسترش قلمرو خود در شرق، غرب و شمال آذربايجان پرداخت و در 812 ق به ولايت شروان تاخت. يك ماه بعد قرايوسف دوباره بر آن شدكه به شروان يورش برد. اما ملك عزالدين شير، حكمران وان، پادرمياني كرد و ميان قرايوسف و ابراهيم شروان شاه را آشتي داد. ابراهيم شروان شاه به منظور رويارويي با قرايوسف با حكمرانان شكي، كاختي و گرجستان متحد شد. قرايوسف پس از آگاهي از اين اتحاد نخست پيام‏هايي آشتي‏جويانه به شيخ ابراهيم فرستاد و چون پاسخ‏هاي تند از او دريافت كرد، در 815 ق به نيروهاي متفق يورش برد و بسياري از آنان، از آن شمار ابراهيم شروان شاه و برادرش بهلول، را به اسارت درآورد و آنان را به تبريز فرستاد و زنداني كرد و به شروان تاخت و شروان و به ويژه شماخي را چپاول كرد. ابراهيم شروان شاه پس از چندي با پادرمياني بزرگان شهر آزاد شد. در دورة فرمانروايي خليل‏الله يكم شروان شاه ( حدود 820 ـ 876 ق)، فرزند و جانشين ابراهيم شروان شاه، نيز دست‏اندازي‏هاي قرايوسف قراقويونلو به شروان همچنان ادامه داشت. در 821 ق قرايوسف سپاهي شش هزار نفري به فرماندهي پسرش، پيربوداق به شروان فرستاد و پيربوداق سپاهيان شروان را شكست داد. در همين زمان شاهرخ تيموري ( 807 ـ 850 ق) كه بر شرق ايران و فرارود فرمانروايي مي‏كرد و همچنان در پي كشورگشايي بود ، از هرات راهي آذربايجان شد. قرايوسف آمادة نبرد با شاهرخ شد، اما در 823 ق ناگهان درگذشت و سپاهيانش پراگنده شدند و بدين ترتيب شاهرخ توانست به سادگي خود را به قراباغ برساند. خليل‏الله يكم شروان شاه راه فرار را در پيش گرفت و اسكندر با ياري بزرگان شروان براي آباداني اين سرزمين كوشيد. شاهرخ با شنيدن اين خبر بار ديگر به آذربايجان لشكر كشيد و درنبردي كه در 832 ق ميان اسكندر قراقويونلو و شاهرخ دردشت سلماس رخ داد، شاهرخ اسكندر را به شكست و او را به آناتولي گريزاند و خود به قراباغ رفت. وي پيش از ترك قراباغ ابوسعيد فرزند كوچك قرايوسف را به حكمراني آذربايجان گمارد . پنج شش ماه پس از آن اسكندر بار ديگر به آذربايجان بازگشت و برادرش، ابوسعيد، را كشت و بر آذربايجان دست يافت. در اين ميان فرزند او، يارعلي، به سبب اختلافاتي كه با پدر داشت به خليل‏الله شروان شاه پناهند شد و خليل‏الله او را دست بسته نزد شاهرخ فرستاد. اين كار خليل‏الله خشم اسكندر را برانگيخت. وي در 837 ق به شران لشكر كشيد و آن شهر را چپاول كرد. تاخت و تاز او در شروان بيش از يك سال به درازا كشيد. در اين ميان خليل‏الله از شاهرخ ياري خواست. شاهرخ براي سومين بار نيروهايي به شروان گسيل داشت و اسكندر چون ازاين امر آگاه شد از شروان گريخت و به آناتولي رفت. شاهرخ براي سومين بار نيروهايي به شروان گسيل داشت و اسكندر چون از اين امر آگاه شد از شروان گريخت و به آناتولي رفت. شاهرخ در 839 ق فرمانروايي آذربايجان را به جهان شاه قارقويونلو (ـ 872 ق) واگذار كرد. به نظر مي‏رسد كه جهان شاه قراقويونلو تا هنگام مرگ با شروان و شروان شاه روابط دوستانه داشته است. البته  ابوبكر طهراني مي‏گويد كه وي پيش از يورش به دياربكر و كشته شدنش به دست اوزون حسن آق‏قويونلو بر آن بوده كه به شروان يورش برد، اما ناگهان تصميم خود را عوض كرد و به سوي دياربكر رفت. خليل‏الله شروان شاه در دورة  فرمانرواييخود در آباداني باكو بسيار كوشيد و اين شهر به پايتخت دوم شروان و محل نگه‏داري خزاين و دفاين شروان شاهان تبديل شد. كاخ باشكوه شروان شاهان نيز درهمان دوره در باكو ساخته شد. پس از خليل‏الله يكم شروان شاه فرزند او، فرخ‏يسار (867 ـ 906 ق) به فرمانروايي شروان رسيد. در دورة  فرمانروايي فرخ‏يسار به ياري يعقوب بيگ تركمان او را بشكست و بكشت. ناگفته نماند كه مرادبيگ تركمان (ـ 920 ق) پسر يعقوب‏بيگ يك چند در شروان و در دربار شروان شاهان به سر برد. حكومت آق‏قويونلوها به دست اسماعيل يكم صفوي به خونخواهي شيخ حيدر صفوي به شروان لشكر كشيد و فرخ‏يسار به دست لشكريان شاه اسماعيل در نزديكي شماخي كشته شد. اسماعيل يكم صفوي پس از گشودن شروان حسين‏بيگ للة شاملو را در شروان گماشت و حسين‏بيگ‏لـله نيز هنگامي كه آنجا را ترك مي‏كرد، شاه‏گلدي‏آقا، جلودار خود را كه سر از تن فرخ‏يسار شروان شاه جدا كرده بود، به جانشيني خود برگزيد. پس از بيرون رفتن سرخ‏كلاهان از شروان، بهرام‏بيگ (ـ 907 ق) فرزند فرخ‏يسار به فرمانروايي شروان رسيد و پس از درگذشت او، برادرش غازي‏بيگ (ـ908 ق) جاي او را گرفت، تا آن كه به دست پسرش محمود شروان شاه كشته شد. دورة فرمانروايي محمود نيز ديري نپاييد. محمود فرمانروايي ستمكار بود، چنان كه سرانجام مردمان شروان بر او شوريدند و گروهي از بزرگان شهر در پي ابراهيم، مشهور به شيخ شاه، عموي محمود شروان شاه، كه در جريان لشكر‏كشي سرخ‏كلاهان به شروان به گيلان گريخته بود، رفتند تا او را بازگردانند و بر تخت شاهي نشانند. محمود شروان شاه با شنيدن خبر بازگشت عمويش به شروان، نزد شاه اسماعيل گريخت. شاه اسماعيل نيز فوجي از سپاهيان خود را به او سپرد و محمود به ياري آنان شيخ شاه را از شماخي به دژ گلستان هزميت داد و سه ماه او را در محاصره گرفت. تا آن كه سرانجام يكي از غلامان محمود با نام قره‏بيگ، سر او را در بستر بريد و در تاريكي شب نزد شيخ شاه فرستاد و شيخ شاه نيز با سپاهيانش بر فوج سرخ‏كلاهان شبيخون زد و آن‏ها را تار و مار كرد. ابراهيم شروان شاه، معروف به شيخ شاه (908 ـ 930 ق)، سرانجام به فرمانروايي شروان رسيد. وي نخست از در فرمانبرداري از شاه اسماعيل درآمد. اما هنگامي كه شاه اسماعيل را گرفتار كشورگشايي درشرق و جنوب ديد از پرداخت باج و خراج به كومت صفوي سرباز زد. شاه اسماعيل كه پس از گشودن بغداد و خوزستان در 915 ق به آذربايجان بازگشته بود، شنيدكه شروان شاه پرچم استقلال برافراشته است و در پرداخت خراج كوتاهي مي‏ورزد. از اين روي، بر آن شد تا بار ديگر شروان را تسخير كند و شيخ شاه اين خبر را شنيد به دژ بيغرد

پناه برد و شاه اسماعيل چون اين امر آگاه شد، شماري از سپاهيانش را به سوي شماخي فرستاد تا آن ولايت را تسخير كنند و خود به باكو رفت. نگهبان حصار شهر به پيشواز شاه اسماعيل رفت و كليدهاي شهر و دژ را به او سپرد. در پي آن شاه اسماعيل به شابران رفت و آن جا را تسخير كرد و حكمرانان ديگر شهرهاي شروان نيز به حضور شاه اسماعيل رسيدند، اما نگهبان دژ دربند از اين كار سرباز زدند تا اين كه سرانجام اسماعيل صفوي دژ دربند را نيز گشود. وي پس از آن حكمراني دربند را به منصوربيگ و حكمراني ديگر شهرهاي شروان را به لـله‏بيگ سپرد. از آن پس شيخ شاه به فرمانبرداري از شاه اسماعيل تن داد و سياست مدارا با شاه اسماعيل را در پيش گرفت. برقراري مناسبات خانوادگي ميان شاه اسماعيل و شيخ شاه شد؛ چنان كه اسماعيل دختر خود، پري‏خان خانم را به خليل پسر شيخ شاه داد و خود نيز دختر شيخ شاه را به زني گرفت. در پي درگذشت شيخ شاه، فرزندش ، خيل‏الـله دوم شروان شاه (ـ 942 ق) به فرمانروايي رسيد. دورة‌ فرمانروايي او همزمان بود با فرمانروايي تهماسب يكم صفوي (930 ـ 984 ق). خليل‏الـله دوم شروان شاه با شاه تهماسب روابط دوستانه داشت و دورة‌ حكمراني او بي‏هيچ درگيري با صفويه سپري شد. ناگفته نماند كه شروان شاهان در زمان حكمراني شيخ شاه در جريان خواست عثمانيان براي تسخير قلمرو صفويه قرار گرفتند؛ چنان كه سليم يكم عثماين (918 ـ 926 ق) در 923 ق فتح‏نامه‏اي براي شيخ شاه نوشت و در آن از تصميم خود يعني «رفع و دفع زنادقة قزلباش» سخت گفت و از همان زمن دست‏اندازي‏هاي عثمانيان به قلمرو صفويه آغاز شد. سبب برقراري رابطه ميان شروان شاهان و سلاطين عثماني، پيروي آن‏ها از مذاهب سنت بوده است و به نظر مي‏رسد كه سليم يكم عثماني اين امر را دليلي براي اتحاد با شروان شاهان در برابر حكومت شيعي صفويه مي‏دانسته است. اين دست‏اندازي‏ها به قلمرو صفويه  در زمان خليل‏الله دوم شروان شاه نيز ادامه داشت. پس از قانوني (926 ـ 974 ق) روابطي دوستانه داشته است. پس از خليل‏الـله دوم ، برادرزادة خرسال او، شاهرخ شروان شاه (ـ 946 ق) فرزند فرخ فرزند شيخ شاه در شروان به فرمانروايي رسيد. به نظر مي‏رسد كه در آن زمان زمام امور ولايت شروان به دست بازرگاني افتاد كه شاهرخ را از داغستان آورده و بر تخت شاهي نشانده بودند و همين امر سبب فروپاشي نظام مملكت شد. حسن بيگ روملو در اين باره مي‏نويسد: «در اين سال خبر به پادشاه دين پناه رسيد كه اعيان شيروان از بي‏ضبطي شاهرخ بن سلطان فرخ ملول و متنفرند. امرا بي‏استصواب وي پردة‌ ناموس مي‏درند و سپاه بي‏سرش هر چه مي‏خواهند مي‏برند... به واسطة‌ افعال ايشان نظام كارها گسسته شد و مصالح خلايق به اختلال انجاميده...» در همين زمان قلندري در شروان ادعا كرد كه سلطان محمد فرزند شيخ شاه است و لشكري فراهم آورده ساليان را تسخير كرد و سپس راهي شماخي شد. تفرقه ميان اميران و سپاهيان سبب شد تا درباريان شماخي از ايستادگي در برابر سپاهيان قلندر بپرهيزند و به دژ بوغورد پناه برند و بدين ترتيب شورشيان توانستند به سادگي شماخي را تصرف كنند. از آن جا كه همراهان قلندر «... مردم بي‏سر و پاي پراگندة‌ هر جايي بودند و مرد عاقل كارداني ميان آن گروه نبود» شماخي را گذاشته، به ساليان بازگشتند. شاهرخ ميرزا و همراهانش چون از اين امر آگاه شدند، از دژ بيرون آمدند و قلندر و سپاهيانش را تعقيب كرده آنان را در نزديكي‏هاي ساليان يافتند. ميان دو گروه نبردي درگرفت و در اين نبرد شاهرخ كشته شد. در جريان اين رويدادها پري‏خان خانم، خواهر تهماسب يكم صفوي و بيوة‌ خليل‏الـله شروان شاه با قلندر مناسباتي برقرار كرد و به او نزديك شد تا جايي كه خواستند وي را به عقد قلندر درآورند، اما تهماسب او را از اين كار بازداشت. پس از كشته شدن قلندر حكمراني شروان به پري‏خان خانم رسيد. به گفتة ‌برخي پژوهشگران تهماسب يكم صفوي انديشة‌ سرنگوني حكومت شروان شاهان و ضميمه كردن ولايت شروان به قلمرو صفوي را در سر داشته و گويا بر آن بوده تا از اين شورش براي پيشبرد اهدافش  بهره جويد و به خواست هم او بود كه پري‏خان خاتون به قلندر نزديك شد. به هر روي، شاه تهماسب با ديدن اوضاع آشفتة‌ شروان، زمان را براي اجراي نياتش مناسب دانست و در 945 ق برادرش القاص ميرزا از رود كر گذشتند و دژ سرخاب را گرفتند و ساكنان آن را اسير و اموالشان را تاراج كردند و سي صد تن از ساكنان اين دژ را به اسارت بردند. آن‏گاه القاص ميرزا راهي گشودن دژ گلستان، استوارترين دژ ولايت شروان، شد و چون دژنشينان ايستادگي كردند، گروهي را در پاي دژ گذاشت و به دژ بيغرد لشكر كشيد.